Les sources de pollution
Sur un site comme l’étang de Thau, qui voit se dérouler autant d’activités, les sources de pollution sont nombreuses. Ceci est d’autant plus vrai que l’étang fonctionne en fait comme un récepteur des déchets et sous-produits d’activités qui dépassent largement son cadre géographique strict. Parallèlement, cette pollution a toujours inquiété, non seulement à cause de l’appauvrissement biologique qu’elle créait dans l’étang, mais surtout parce qu’elle représente un danger au niveau sanitaire (contamination des coquillages).
La pollution peut s’étudier à deux niveaux
soit en considérant les sources de pollution,
soit en considérant les principes et éléments polluants.
| Source de pollution | Manifestation de la pollution |
| Agriculture du bassin versant | Nitrates - Métaux lourds - Pesticides |
| Industrie | Hydrocarbures |
| Urbanisation - tourisme | Matière organique - Germes fécaux - Détergents |
| Divers | Hydrocarbures - Ordures |
L’agriculture Les divers produits utilisés dans l’agriculutre (et notamment dans la viticulture située autour du bassin de Thau) sont lessivés par les pluies et amenés dans l’étang. Si un certain nombre de produits (nitrates) sont parfaitement "admis" par le milieu (leur quantité est d’ailleurs très minime), d’autres sont plus préoccupants. Il s’agit motamment des Pesticides (DDT, heptachlore, alarine) en général peu ou pas détruits par les éléments naturels qui les concentrent tout au long des chaînes alimentaires, et des métaux (cuivre, plomb,...). Ces produits sont cependant en quantités presque négligeables dans l’étang et sont plus abondants aux périodes de pluie.
L’urbanisation La présence d’une importante urbanisation autour de l’étang a été jusque dans les années 1972-1973,.une source de pollution importante et problématique. Les diverses agglomêratlons, les dépôts d’ordures, les caves coopératives déversaient directement leurs déchets dans les ruisseaux se jetant dans l’étang ou dans les canaux de Séte. De plus, le canal du Rhône à Sète et le Canal du Midi augmentaient encore la charge polluante de l’étang. La matière organique (moyenne de 2mg/l en 1971) augmente la capacité nutritive de l’étang en même temps qu’elle diminue la quantité d’oxygène (consommation d’oxygène (oxydation) pour la destruction des matières organiques). Ce phénomène, appelé eutrophisation, augmente la productivité de l’étang (milieu mieux "nourri") ; mais, à terme, le milieu peut devenir complètement asphyxié et ne plus permettre le développement de certaines formes de vie.
* Les détergents : particulièrement concentrés pendant la période estivale (en hiver, ils sont dilués par les eaux pluviales), et sur la côte nord de l’étang et 1’Etang des Eaux Blanches (zones oû débouchent les ruisseaux ou les canaux) ; ils sont des sources de pollution importantes qui exercent une influence très néfaste sur les organismes vivants.
* Les germes fécaux : ils ont une incidence encore plus forte, car ils sont assimilés par les différents organismes filtreurs (coquillages) qui sont ainsi contaminés et peuvent devenir impropres à la consommation (risques de Thyphoides, Hépatites, ). Les germes fécaux (Streptocoques et Escherichia coli) manifestent des périodes d’abondance particulière après les fortes pluies qui déterminent le ruissellement (hiver surout), notamment dans les secteurs nord oriental (Crique de l’Angle, Eaux Blanches) et nord occidental (Marseillan, Canal du Midi) de l’étang. Les concentrations ont pu dépasser 100 germes / 100 ml (1971). Ainsi des zones insalubres ont pu être délimitées par l’Institut Scientifique et Technique des Pêches Maritimes, et dans certains cas, la consommation des coquillages interdite pendant quelques temps.

Ce plancton peut étre ensuite dirigé vers des sites aquacoles (Coquillages, Poissons). L’eau rendue à l’étang est ainsi épurée et enrichie en plancton. La station qui traite ainsi environ 2 000 m3 par jour (les effluents restent 80 jours dans le lagunage) est le lieu d’un important travail de recherche appliquée (méthanisation, contrôles et études physico-chimiques et microbiologiques).
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